Fakultas MIPA merupakan salah satu pilar utama IKIP Makassar sejak didirikannya pada tahun 1965. Sebelumnya, masih berbentuk BI Negeri bersama BI Bahasa Indonesia. Pada tahun 1961, kedua kursus BI ini diintegrasikan kedalam Universitas Hasanuddin dan mejadi jurusan Ilmu Pasti dari FKIP. Setelah IKIP lepas dari Unhas dan berdiri sendiri sebagai IKIP Makassar, mula-mula bernama Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE) IKIP Makassar, kemudian berubah menjadi Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA) IKIP Ujung Pandang, setelah IKIP dikonversi menjadi UNM menjelma menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA). Pada tahun 1965, FKIE IKIP Makassar berdiri dari tiga jurusan, yaitu Ilmu Pasti, Ilmu Alam dan Ilmu Hayat dengan Dekan E. Agussalim Mokodompit M.A.

Pada Tahun 2007, Fakultas MIPA UNM membawahi lima jurusan yaitu: Matematika, Fisika, Kimia, Biologi, dan Geografi. Setiap Jurusan mengasuh dua program Studi yaitu Program Studi Kependidikan yang menghasilkan Sarjana Pendidikan (S.Pd.) dan Program Studi nonKependidikan yang menghasilkan Sarjana Sains (S.Si.). Potensi Staff pengajar pada setiap jurusan sekitar 60% S2, 20% S3 dan sisanya S1. Dalam waktu dekat potensi staf pengajar tersebut akan berubah dengan selesainya mengikuti program S3 yaitu untuk jurusan Matematika, Fisika, dan Kimia. Antara Program Studi kependidikan dan non kependidikan memiliki kesamaan materi perkuliahan setara dengan enam semester (kurang lebih 100 SKS dari 147 – 150 SKS untuk penyelesaian program S1).